A cirkon tartalmú természetes szilikát ZrSiO4 a természetben széles körben elterjedt cirkonnak (Circon) vagy jácintnak (jácint) nevezik, a narancstól a vörösig sokféle gyönyörű színben, ősidők óta drágakőnek tartják, állítólag a cirkon szó származik az arab Zarqūn szóból, ami a cinóber, és állítólag a perzsa Zargun szóból is származik, ami arany, a jácint pedig a görög "liliom" szóból származik, és az Indiai-óceánban fekvő Srí Lanka szigetország cirkonban gazdag. A cirkóniumot mint cirkónium formát tartalmazó drágaköveket ősidők óta ismerték.
1789-ben a német MHKlaproth megállapította, hogy amikor a cirkont tanulmányozta, az nátrium-hidroxiddal eutektikus volt, a hűtőfolyadékot sósavval feloldották, az oldathoz kálium-karbonátot adtunk, a csapadékot leszűrték és megtisztították, majd az üledéket társítottuk. kénsavval felforraltuk, majd a szilícium-oxidot kiszűrtük, és a kalcium, magnézium , sem savval, például magnézium-oxiddal nem kölcsönhatásba lép, Klaproth úgy vélte, hogy ez a csapadék különbözik a korábban ismert oxidoktól, és Zirkonerde-ből (cirkónium, német) áll, és hamarosan a francia kémikus, de Both Morueau és Vauquelin megerősítette az MH helyességét. Klaproth elemzése szerint az elem latin neve Cirkónium, szimbóluma pedig Zr, amit kínaiul cirkóniumnak fordítanak.
1808-ban a brit H.Davy elektromos áramot használt a cirkóniumvegyületek lebontására, sikertelenül, 1824-ben a svéd JJ Berzelius először használt káliumot a K2ZrF6 redukálására fémcirkónium előállítására, de az nem volt elég tiszta, a reakció képlete: K2ZrF{ {5}}K=Zr + 6KF, a reakció Na redukálószerként is használható, egészen 1914-ig két kutató Lely és Ham egy fémfehér forró lámpagyártó üzemben Hollandiában, Brugerben. vízmentes cirkónium-tetrakloridot és felesleges nátrium-fémet használtak egy üres golyóba, elektromos árammal hevítették 500 fokra, és tiszta fémcirkóniumot kaptak.
Teljesen tiszta cirkóniumot csak 1925-ben állítottak elő holland kémikusok, Anton Eduard van Arkel és Jan Hendrik de Boer cirkónium-tetrajodid (ZrI4) lebontásával. A cirkóniumot nagy mennyiségben állítják elő cirkónium-tetraklorid magnéziummal való hevítésével.